नक्कली भुटानी शरणार्थी प्रकरणमा नाम जोडिएपछि त्यसको खण्डन गरेका छन्। प्रेस वक्तव्य जारी गर्दै थापाले गृह मन्त्रालयमा हुँदा कोही कसैसँग सम्झौता जनसरोकारका विषयलाई प्राथमिकतामा राखेर काम गरेको दाबी गरेका छन् । त्यसबाहेकका कुनै काम नगरिएको भन्दै उनले आपत्ति जनाएका छन् ।

यद्यपी संवेदनशील विषय भएकोले छानबिनमा सहयोग गर्ने प्रतिबद्धता गरेका छन् ।

पटक-पटक आफूमाथि राजनीतिक प्रतिसोध साँध्न यस्ता आरोप लाग्ने गरेको उल्लेख गर्दै थापाले भनेका छन्, ‘ …तर, संवेदनशील विषय भएकाले आरोप लगाइएका विषयमा सम्बन्धित निकाय, न्यायालयप्रतिको आस्था र सम्मान स्वरूप अनुसन्धान प्रक्रियालाई इमानदारीपूर्वक सहयोग गर्ने प्रतिबद्धता व्यक्त गर्दछु ।’